Il Santuario venne eretto dai Frati Francescani in seguito al ritrovamento in un pozzo di un’immagine della Madonna nel 1705 da parte del sacerdote Domenico Tanzella. La Basilica e il con vento attuigi al pozzo, furono completati nel 1770, mentre la devozione alla Madonna del Pozzo si diffondeva rapidamente nelle zone circostanti e in tutta l’Italia Meridionale, anche per l’interessamento della famiglia reale di Napoli, i Borboni delle due Sicilie. Papa Pio IX elevò il santuario al rango di Basilica Minore.