La cappellina era situata in una zona denominata “Portiuncula”. Rimasta per lungo tempo in stato di abbandono, viene restaurata da san Francesco. Egli qui comprende chiaramente la sua vocazione e qui fonda l’Ordine dei Frati Minori nel 1209, affidandolo alla protezione della Vergine Madre di Cristo, cui la chiesina è dedicata. Dai Benedettini ottenne in dono il luogo e la cappella per farne il centro della sua nuova Istituzione. Il 28 marzo 1211, Chiara di Favarone di Offreduccio vi riceve dal Santo l’abito religioso, dando inizio all’Ordine delle Povere Dame (Clarisse). Nel 1216, in una visione, Francesco ottiene da Gesù stesso l’Indulgenza conosciuta come “Indulgenza della Porziuncola” o “Perdono di Assisi”, approvata dal Papa Onorio III. Alla Porziuncola, che fu ed è il centro del francescanesimo, il Poverello raduna ogni anno i suoi frati nei Capitoli (adunanze generali), per discutere la Regola, per ritrovare di nuovo il fervore e ripartire per annunciare il Vangelo nel mondo intero. Per volere del Papa san Pio V (1566-1572), al fine di custodire le cappelle della Porziuncola, del Transito e del Roseto e altri luoghi resi sacri dalla memoria di san Francesco, e accogliere i tanti pellegrini che da ogni luogo si recano a visitarli, tra il 1569 e il 1679 viene edificata la grande Basilica di S. Maria degli Angeli. Il progetto originario di Galeazzo Alessi (1512-1572) è caratterizzato da una rigorosa semplicità strutturale, conforme all’ideale francescano di povertà. I forti eventi tellurici che scuotono l’Umbria nel 1832 provocano danni gravissimi alla Basilica. Al termine di un lungo e complesso restauro, diretto dall’architetto Luigi Poletti, essa viene riaperta al culto l’8 settembre del 1840. La facciata viene rielaborata radicalmente su un progetto di Cesare Bazzani, con l’intento di conferirle una monumentalità degna dell’importanza del Santuario. Questa è inaugurata l’8 giugno 1930 e alla sua sommità viene collocata un’imponente statua della Vergine in bronzo dorato. Entrando in Porziuncola, si è subito inondati dalla luce e dai colori della Pala di altare di Prete Ilario da Viterbo (1393). Nella successione dei cinque quadri è narrata la storia del Perdono di Assisi. Francesco si getta tra le spine per vincere la tentazione; accompagnato da due angeli si reca in Porziuncola; in essa contempla l’apparizione di Gesù e della Vergine e chiede l’Indulgenza plenaria; ne chiede conferma al Papa; e finalmente annuncia a tutti il grande dono ricevuto da Cristo e dalla Chiesa. La chiesetta conserva tutta la freschezza della primitiva austerità francescana. Le pietre rozzamente squadrate ricordano la mano inesperta del giovane restauratore Francesco. Ma nei loro riflessi c’è l’eco della preghiera incessante che da secoli si eleva verso il cielo da questa “piccola porzione” di terra. Milioni di anime hanno varcato questa “porta di vita eterna” e si sono prostrate qui per ritrovare la pace e il perdono nella grande Indulgenza. Sulla soglia della chiesina sono incise le parole “hic locus sanctus est”, questo luogo è santo, perché Dio vi è sceso per incontrare Francesco e chiunque vi entri con fede.