Le origini di questo santuario risalgono al VI secolo, quando alcuni eremiti che seguivano la Regola di San Benedetto si rifugiarono in alcune grotte scavate lungo la rupe, tuttora esistenti. I Benedettini nel 520 costruirono sulle rovine di un tempio dedicato a Diana un Cenobio e la basilica di Sant’Elia. Dopo cinque secoli di abbandono, fra Giuseppe Andrea Rodio, terziario francescano, diede nuovo impulso al complesso. Nel 1892 Santa Maria ad Rupes fu affidato ai Frati Minori della provincia di Santa Croce in Sassonia che impressero al santuario l’aspetto attuale. Il 15 agosto 1912 la chiesa fu elevata a basilica minore. Dal gennaio 1982 subentrarono i Padri Michaeliti, congregazione di San Michele Arcangelo. In 42 anni della sua permanenza nella grotta fra Andrea da Rodio migliorò la piazzetta antistante e la «via dei Santi». Inoltre, per facilitare l’accesso alla grotta, scavò nel tufo una galleria di 144 gradini. Nel santuario si venera l’immagine della Madonna che risale al XVI secolo. È molto probabile che l’attuale quadro abbia sostituito l’affresco impresso sulle pareti tufacee della grotta stessa. La Madonna ad Rupes è una delle poche immagini al mondo dove la Vergine adora il Figlio che dorme sulle ginocchia materne. L’opera venne restaurata nel 1896 dal pittore romano Gonella, trasportata su altra tela e racchiusa nell’artistico trittico, opera di Szoldatics. L’altare della Madonna è costruito con marmi provenienti dalle rovine di Falerio.
