L’origine del santuario è legata all’apparizione della Madonna a Filippo Viotti, avvenuta nell’agosto del 1532, sui monti alla periferia del paese. La Vergine avrebbe chiesto al fanciullo sordomuto, poi miracolosamente guarito, la costruzione di una chiesa in quel luogo. La comunità di Paitone, in omaggio alla richiesta della Vergine, decide di costruire un nuovo santuario a lei dedicato, dietro autorizzazione dalla diocesi di Brescia dell’11 maggio 1534. Il santuario venne arricchito da una tela del Moretto, dipinta in base alla testimonianza del giovane veggente. Come base dell’altare maggiore della chiesa, fu utilizzata la pietra sulla quale era avvenuta l’apparizione. Il santuario, costruito in circa due anni ed è stato nel tempo costantemente abbellito e arricchito da un portico in facciata e da un vasto piazzale antistante. Nel corso dei secoli si sono registrati anche molti altri miracoli di guarigioni improvvise e inspiegabili, ottenute per intercessione della Madonna qui venerata.