La chiesa è stata costruita dal Card. Capocci per commemorare il miracolo avvenuto nel 1256. Nella notte tra il 26 e il 27 settembre dell’anno 1256, un servo del cardinale Pietro Capocci per sbaglio o deliberatamente gettò nel pozzo della stalla l’immagine della Madonna dipinta su un pesante mattone di terracotta. Prima che toccasse il fondo, le acque, rigurgitando improvvisamente e abbondanti, riportarono in superficie l’immagine della Madonna. Il cardinale con devoto stupore, raccolse la sacra immagine prodigiosamente galleggiante sulle acque. Il processo canonico comprovò il miracolo e il papa Alessandro IV la fece mettere in venerazione in una cappella presso il pozzo da dove era riemersa. Sotto papa Innocenzo VIII (1484-1492), la chiesa fu ricostruita “dalle fondamenta”. L’attuale prospetto della chiesa è frutto del contributo di diversi artisti: Giacomo della Porta (1592), Francesco da Volterra (1596), Carlo Rainaldi (1681).
