La prima chiesa di Santa Maria degli Angeli fu edificata tra il 1540 e il 1581, su di un terreno donato ai padri cappuccini da un contadino di nome Orazio Antonio Landi. Nel 1624 essa fu semidistrutta da un violento terremoto. Ricostruita ed ampliata nel 1676, venne dedicata a Maria Santissima delle Grazie. Nel 1810, in seguito alle leggi che sopprimevano gli ordini religiosi, i frati cappuccini custodi del santuario, furono costretti ad abbandonarlo ed il quadro trecentesco della Madonna delle Grazie venne trasferito. Essi poterono tornarvi alla fine del 1800 per ricostituirvi, dopo varie controversie, la comunità monastica. Col diffondersi della devozione, legata anche alla notorietà di San Pio che qui visse e operò per oltre mezzo secolo, accanto alla piccola chiesa originaria, venne edificato un nuovo tempio che con essa costituisce un unico corpo armonico. Progettata dell’architetto Giuseppe Gentile, fu iniziata il 2 luglio 1956 e fu consacrata dal vescovo di Foggia il 1 luglio 1959. La navata centrale è dominata da un mosaico eseguito della scuola vaticana, raffigurante originariamente solo la Madonna delle Grazie, opera del prof. Bedini, alla quale è stata ora aggiunta, dopo la canonizzazione, anche la figura di San Pio e di un angelo sulle nuvole. La chiesa è abbellita da altri otto mosaici, presenti negli altari delle navate centrali, e da marmi pregiati. Si può inoltre ammirare nel coro il Crocifisso ligneo del ‘600 davanti al quale San Pio da Pietrelcina ricevette le stimmate.
